Главные задачи центра на данный момент:

Реализация приоритетных проектов в части формирования у населения навыков здорового образа жизни и повышения уровня санитарно-гигиенической культуры населения.
Участие в реализации программ по охране и укреплению здоровья населения.
Организационно-методическое руководство, информационное обеспечение и координация деятельности лечебно-профилактических учреждений Алтайского края по профилактике заболеваний, сохранению и укреплению здоровья населения.
Анализ и оценка качества и эффективности профилактической работы лечебно-профилактических учреждений, кабинетов медицинской профилактики и центров здоровья медицинских учреждений Барнаула и Алтайского края.
Организация и проведение обучения медицинских работников лечебно-профилактических учреждений по вопросам профилактики заболеваний, охраны и укрепления здоровья населения.
Организация и проведение массовых профилактических и оздоровительных мероприятий.
Организация и проведение мероприятий в области гигиенического обучения и воспитания населения.
Разработка и внедрение современных профилактических технологий, направленных на сохранение и укрепление здоровья жителей Алтайского края.
Организация, проведение и анализ мониторинга факторов риска хронических неинфекционных заболеваний, а также медико-социальных опросов населения для определения уровня информированности о мерах профилактики и определения потребности и удовлетворенности профилактической помощью.
Организация и осуществление межведомственного взаимодействия с медицинскими учреждениями, немедицинскими организациями, общественными объединениями и средствами массовой информации по вопросам профилактики заболеваний, здоровому образу жизни, сохранению и укреплению здоровья населения Алтайского края.